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- Salud intestinal, Microbiota y Resistencia antimicrobiana
- Sanidad caprina y Brucelosis
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Salud intestinal, Microbiota y Resistencia antimicrobiana

Resumen
Desde el año 2007, el laboratorio cuenta con una amplia trayectoria en bacteriología general como parte del Instituto de Patobiología (UEDD: Instituto de Patobiología Veterinaria). El grupo de Salud Intestinal se enfoca en el estudio de bacterias enteropatógenas y su dispersión en el ambiente productivo bajo la perspectiva de Una Salud. Como organismos modelos se trabaja con bacterias entéricas de los géneros Clostridium, Escherichia coli, Salmonella y Enterococcus que afectan la producción animal o con impacto en salud pública. Entre las líneas activas se desarrollan proyectos de investigación relacionados con aspectos de patogenia (relación huésped-patógeno), análisis metagenómico de microbiota intestinal, desarrollo y evaluación de alternativas a los promotores de crecimiento, prevención y remediación de la resistencia a los antimicrobianos, uso racional de antimicrobianos, epidemiología, diagnóstico e inmunología.
El grupo de trabajo participa activamente en servicios de diagnóstico, evaluación de productos (suplementos nutricionales para animales de producción, promotores de crecimiento no tradicionales, alternativas al uso de antimicrobianos en producción animal) y análisis de perfiles de microbiota intestinal. Se llevan a cabo determinaciones de sensibilidad antimicrobiana en bacterias de interés zoonótico en granjas avícolas, asesoramiento sobre la aplicación de terapias alternativas (extractos vegetales) y el control, prevención y manejo de enfermedades infecciosas en pollos parrilleros. Durante la trayectoria del laboratorio, se han formado y perfeccionado recursos humanos en el marco del programa de capacitación del INTA; también se han desarrollado pasantías, tesinas de grado y tesis doctorales. Los resultados obtenidos por el equipo de trabajo han sido presentados en numerosas publicaciones en revistas a nivel nacional e internacional tanto científicas como de divulgación, congresos y jornadas nacionales e internacionales, así como también en seminarios internos y externos al Instituto.
Ejes de investigación
- Vigilancia de resistencia antimicrobiana (RAM) en los sistemas de producción intensivos.
- Diagnóstico y patogenia de enfermedades clostridiales.
- Manejo de residuos remanentes de la producción intensiva y uso de alternativas a los antibióticos.
- Microbiota, salud intestinal y eficiencia productiva en animales de producción intensiva.
- Dieta y patología, modulación del sistema antioxidante y de la respuesta inflamatoria.
- Pequeños mamíferos silvestres como centinelas de la RAM.
- Metagenómica aplicada a la detección y cuantificación de genes de resistencia a antibióticos (resistómica) en la microbiota intestinal y ambiental de animales de producción.
- Mecanismos interacción patógeno-hospedador.
Integrantes
LÍDER
Dr. Mariano FERNÁNDEZ MIYAKAWA
Lic. en Ciencias Biológicas (UBA). Dr. de la Universidad de Buenos Aires, área: Ciencias Biológicas. Investigador Principal CONICET
Patogénesis clostridial y estudios de estrategias para el control de enfermedades bacterianas de impacto en la salud animal y humana.
Vet. Jesica Soledad BUCCI
Veterinaria UBA
El trabajo de investigación se centra en el estudio de la interacción en
tre Clostridium perfringens y los componentes de la microbiota intestinal en sistemas de producción animal, con especial énfasis en el impacto del uso de antimicrobianos sobre estas dinámicas. El objetivo es comprender cómo las alteraciones en la microbiota, inducidas por prácticas de manejo y terapéuticas, influyen en la colonización, persistencia y patogenicidad de este microorganismo.
Las líneas de trabajo incluyen la caracterización de las interacciones entre C. perfringens y comunidades microbianas intestinales, el análisis de cambios en la estructura y función de la microbiota frente al uso de antimicrobianos, y la evaluación de cómo estos cambios favorecen la selección de cepas más virulentas o resistentes. Asimismo, se investigan posibles mecanismos de exclusión competitiva y disbiosis asociados a la aparición de enfermedades entéricas.
El abordaje combina herramientas microbiológicas, moleculares y de análisis de microbiota, con el objetivo de generar evidencia sobre el rol de los antimicrobianos en la modulación de estas interacciones. Este conocimiento busca contribuir al desarrollo de estrategias que promuevan una microbiota más estable y resiliente, reduciendo la incidencia de enfermedades y la dependencia de antimicrobianos.
Dr. Juan DIAZ CARRASCO 
Lic. en Ciencias Biológicas (UBA/FCEyN). Dr. de la Universidad de Buenos Aires, área: Química Biológica. Investigador INTA y Asistente CONICET
Dinámica de la microbiota intestinal y su relación con la productividad y la salud animal.
Dra. Natalia Andrea CASANOVA 
Bioquímica (UBA). Dra. de la Universidad de Buenos Aires, área Bioquímica. Investigadora INTA.
Mi trabajo de investigación está orientado al estudio de la modulación de la salud intestinal en animales de producción con un enfoque prioritario en la avicultura. El objetivo principal es evaluar el impacto de aditivos nutricionales sobre el crecimiento, la sanidad animal y la prevención o control de enfermedades bacterianas que afectan a las aves. Para ello, se desarrollan bioensayos en microorganismos y células eucariotas, mediante los cuales se estudian las propiedades citostáticas, citotóxicas, antiinflamatorias y antioxidantes de diversos aditivos. Estos estudios permiten identificar compuestos con potencial para mejorar la salud intestinal y contribuir al desarrollo de estrategias de producción más eficientes y sostenibles.
Asimismo, mi trabajo está vinculado a diversas actividades y proyectos enfocados al estudio de la resistencia a los antimicrobianos, la promoción de su uso racional y la evaluación de alternativas a los antibióticos.
Dra. Johana Elizabeth DOMINGUEZ 
dominguez.elizabeth@inta.gob.ar
dominguez.johana@conicet.gov.ar
Lic. En Biologia Molecular (UNSL). Dra. de la Universidad de Buenos Aires, área Bioquímica. Investigadora Adjunta, CONICET.
Mi línea de investigación se basa en la vigilancia y el estudio de la resistencia a los antimicrobianos (RAM) en bacterias comensales y patógenas de sistemas de producción intensivos, así como su relación e impacto en el medio ambiente, con especial énfasis en la epidemiologia molecular y la genómica de la RAM.
Como investigadora especialista en RAM dentro de mi grupo, participo activamente en proyectos de ecología, patogenia, metagenómica, evaluación de alternativas antimicrobianas y promoción de uso racional de antimicrobianos. Además, realizo la supervisión y acompañamiento de recursos humanos en formación y gestión de fuentes de financiamiento nacionales e internacionales.
Dr. Leandro REDONDO

Veterinario Especialista Patofisiología (UNRC). Dr. de la Universidad de Buenos Aires, área Bioquímica. Investigador INTA y Asistente CONICET,
El trabajo de investigación se centra en el estudio de la salud intestinal en sistemas de producción animal, abordando de manera integrada la patogenia bacteriana, la resistencia a los antimicrobianos (RAM) y el desarrollo de estrategias alternativas al uso de antibióticos. En particular, se focaliza en las infecciones entéricas causadas por Clostridium perfringens, como modelo relevante por su impacto productivo y su estrecha relación con desequilibrios de la microbiota intestinal.
Las líneas de investigación incluyen el estudio de los mecanismos de interacción patógeno-hospedador, la caracterización microbiológica y molecular de cepas bacterianas, y el análisis de los efectos del uso de antimicrobianos sobre la dinámica de la microbiota y la selección de resistencia. Asimismo, se evalúan alternativas como aditivos nutricionales (por ejemplo, taninos y probióticos) orientadas a mejorar la salud intestinal y reducir la dependencia de antimicrobianos.
El enfoque combina herramientas experimentales, microbiológicas y epidemiológicas, con el objetivo de generar evidencia aplicable a sistemas productivos reales. Este conocimiento se orienta a contribuir al diseño de estrategias de manejo y políticas que promuevan una producción animal más sostenible, basada en la mejora de la salud intestinal y el uso responsable de antimicrobianos.
Vet. Luciana Soledad ARIAS 
Becaria doctoral INTA
Veterinaria (UBA).
El trabajo de investigación se centra en el estudio de la patogénesis de infecciones entéricas causadas por Clostridium perfringens, con particular énfasis en la toxina épsilon (ETX) y su impacto sobre el eje intestino-cerebro-microbiota. Este enfoque busca comprender cómo los factores bacterianos, en interacción con el hospedador, generan alteraciones locales y sistémicas que afectan la salud y el desempeño productivo.
Las líneas de trabajo incluyen el análisis de los mecanismos de acción de la ETX a nivel intestinal, su capacidad de alterar la permeabilidad epitelial y su efecto sobre el sistema nervioso, así como la caracterización de los cambios en la microbiota asociados a estos procesos. Asimismo, se estudia el rol de la dieta como modulador clave, evaluando cómo diferentes composiciones nutricionales —en particular dietas ricas en grasas— influyen sobre la microbiota, la integridad intestinal y la susceptibilidad a los efectos de la toxina, pudiendo exacerbar o atenuar la patogénesis.
El abordaje combina modelos experimentales, herramientas histopatológicas, microbiológicas y moleculares, con el objetivo de generar conocimiento sobre la dinámica del eje intestino-cerebro-microbiota en el contexto de infecciones clostridiales. Este conocimiento contribuye a la identificación de blancos terapéuticos y al desarrollo de estrategias orientadas a mejorar la salud intestinal y el bienestar animal.
Lic. Milena Ailen MIRABITO 
Becaria Doctoral CONICET
Lic. en Ciencias Biológicas (FCEyN/UBA).
Mi objetivo en el proyecto de investigación doctoral es estudiar el rol de pequeños mamíferos silvestres (roedores y marsupiales) en la propagación y mantenimiento de microorganismos resistentes a los antimicrobianos (RAM) dentro de un gradiente de intensidad de producción ganadera. Trabajo con aislamientos de Escherichia coli obtenidos de muestras fecales de pequeños mamíferos silvestres capturados en ambientes agropecuarios y naturales, que representan diferentes aportes antropogénicos de sustancias antimicrobianas al ambiente. Una de nuestras metas actuales es determinar las relaciones de clonalidad entre aislamientos de E. coli resistentes o multirresistentes (MDR) obtenidas de las diferentes áreas analizadas. Además, se busca identificar molecularmente los marcadores de resistencia en los aislamientos de E. coli MDR y caracterizar los elementos genéticos móviles (plásmidos) involucrados en la transferencia de la RAM. Estos objetivos permiten abordar la problemática de la RAM desde un desde un enfoque de “Una Salud”, en donde se tenga en cuenta la interconexión entre los diferentes compartimentos: el de humano, el de los animales de cría y el del ambiente, que incluye el resto de la biota.

Lic. Agustina Lucía STIPISICH
Tesista doctoral
Lic. en Ciencias Biológicas (UBA/FCEyN).
Impacto del uso de antimicrobianos en el desarrollo de bacterias enteropatógenas, y su efecto en el resistoma intestinal y ambiental de animales de producción intensiva.
Producción y financiamiento
- Dominguez JE, Martino F, Lovera R, Casanova NA, Seah C, Cavia R, Corso A, Melano RG, Faccone D, Fernández Miyakawa ME. Genomic characterization of plasmids of mcr-1-positive Escherichia coli isolated from cohabiting rats, dairy cattle and pigs. BMC Vet Res. 2025 Apr 14;21(1):271. doi: 10.1186/s12917-025-04665-4. PMID: 40229806; PMCID: PMC11995477.
- Fernández Miyakawa ME, Casanova NA, Kogut MH. How did antibiotic growth promoters increase growth and feed efficiency in poultry?. Poult Sci. 2024;103(2):103278. doi:10.1016/j.psj.2023.103278
- Díaz Carrasco JM, Casanova NA, Fernández-Miyakawa ME. (2019). Microbiota, Gut Health and Chicken Productivity: What Is the Connection? Microorganisms, 7(10):374. doi: 10.3390/microorganisms7100374.
- Díaz Carrasco, Juan María, Redondo, Enzo Alejandro, Pin Viso, Natalia Daniela, Redondo, Leandro Martin, Farber, Marisa Diana, Fernández Miyakawa, Mariano Enrique, Tannins and Bacitracin Differentially Modulate Gut Microbiota of Broiler Chickens, BioMed Research International, 2018, 1879168, 11 pages, 2018. https://doi.org/10.1155/2018/1879168
- Dominguez JE, Redondo LM, Figueroa Espinosa RA, Cejas D, Gutkind GO, Chacana PA, Di Conza JA and Fernández Miyakawa, ME. Simultaneous carriage of mrc-1 and other antimicrobial resistance determinants in Escherichia coli from poultry. Front Microbiol 2018; 9:1679. doi: 10.3389/fmicb.2018.01679.
- Redondo LM, Chacana PA, Dominguez JE and Fernandez Miyakawa ME (2014) Perspectives in the use of tannins as alternative to antimicrobial growth promoter factors in poultry. Front. Microbiol. 5:118. doi: 10.3389/fmicb.2014.00118
- Impact of the colistin ban on animal production in Argentina: challenges and opportunities. International Center for Antimicrobial Resistance Solutions (ICARS). 2026-2027.
- PICT 2021-I-A-00232. Efecto de fitoquímicos sobre la composición de la microbiota y la respuesta inflamatoria intestinal: potencial relación con la infección de Salmonella en pollo de engorde.
- PICT-2021-I-A-00656. Efectos deletéreos de la toxina Shiga 2 y lipopolisacáridos de E. coli enterohemorrágica sobre el eje cerebro-intestino-microbiota en un contexto de dieta rica en grasas, y su protección mediante el uso de polifenoles.
- PICT-2020-A-02087. El eje microbioma intestino-cerebro en el desarrollo de la enterotoxemia y su impacto productivo.
- PICT 2019-01174: Emergencia y diseminación de la resistencia antimicrobiana asociada al manejo usual de las excretas y remanentes de producción avícola intensiva hacia el medio ambiente. 2021-2023.
- PIP 11220200102793CO. Enfoque resistómico para evaluar la resistencia a los antimicrobianos en residuos del sistema avícola y su persistencia en el ambiente. 2021-2023.
- BBSRC-CONICET: Environmental and Economic Impacts of Improved Antibiotics Stewardship in Poultry Systems. Argentinian project head: Dr Mariano Fernandez Miyakawa; UK project head: Prof Dominic Moran. 2019-2024.
- BBSRC-CONICET: Antimicrobial resistance (AMR) in Argentine Broiler Poultry Systems: Risks and Mitigation. Argentinian project head: Dr Sonia Gómez; UK project head: Dr Helen West. 2019-2024.
- BBSRC-CONICET: Developing an overarching framework for management of AMR applied to key livestock management systems in Argentina. Argentinian project head: Dr. Alejandro Petroni; UK project head: Dr. William Gaze. 2019-2024.
Cartera INTA 2023:
- 2023-PD-L06- I115. Resistencia Antimicrobiana y desarrollo de alternativas que minimicen el uso de antibióticos y antiparasitarios.
- 2023-PD-L01-I089. Microbiomas en ecosistemas agropecuarios: la conexión integradora del enfoque Una Salud.
Servicios y convenios
Servicios a través de INTA:
- Aislamiento bacteriano y determinación de la susceptibilidad a antimicrobianos y promotores de crecimiento.
- Aislamiento y caracterización de clostridios.
- Evaluación de aditivos nutricionales en producción avícola.
- Análisis de microbiota intestinal de animales de producción mediante metabarcoding del gen rRNA 16S.
- Ensamblado y análisis de genomas bacterianos utilizando secuenciación masiva y herramientas bioinformáticas.
- Estudio de resistencia a productos antimicrobianos comerciales.
Servicios tecnológicos de alto nivel (STAN) CONICET:
- STAN 7462: Caracterización bacteriológica y molecular de Escherichia coli Patógena Aviar (APEC).
- STAN 7098: Análisis del potencial de generación de resistencia en productos/formulaciones con actividad antimicrobiana.
- Carta acuerdo llevada a cabo entre el Instituto de Patobiología Veterinaria (IPVet), Senasa y Organización Panamericana de la Salud-Organización mundial de la Salud OMS/OPS, durante 09/2023 al 11/2023 (SCON2023-00156), “Vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos en especies animales productivas, de compañía y de rendimiento en Argentina”.
- Carta acuerdo llevada a cabo entre el Instituto de Patobiología Veterinaria (IPVet), Senasa y Organización Panamericana de la Salud-Organización mundial de la Salud OMS/OPS, durante 10/2022 al 12/2022 (SCON2022-00327), “Vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos en especies animales productivas, de compañía y de rendimiento en Argentina”.
Colaboraciones
- Técnica Superior para Bioterio, María Laura Socas, IPVet, INTA-CONICET.
- Auxiliar de Farmacia, Rocio Belen Sanow, IPVet, INTA-CONICET.
- Laboratorio de Resistencia Antimicrobianos, SENASA, Martinez.
- Dr. Alejandro Petroni (Antimicrobianos, INEI-ANLIS), Malbrán.
- Dr. Regino Cavia (IEGEBA), FCEyN, UBA.
- Dra. Florencia Roca (Bacteriología Especial, INEI-ANLIS), Malbrán.
- Farm. Andrea Torres, ANLIS Malbrán.
- Lic. Adriana Cangelosi, ANLIS Malbrán.
- Dr. Jorge Goldstein Raij, IFIBIO Houssay, CONICET-UBA.
- Dr. Martin Rumbo, IIFP, CONICET-UNLP.
- Dr. Roberto Melano, OPS.
- Dr. Daniel A. Vilte, IPVet, INTA-CONICET.
- Dr. Fernando Delgado, IPVet, INTA-CONICET.
- Dr. Ramon Gonzalez Pasayo, INTA-Balcarce.
- Dra. Natalia PinViso, IMyZA-IABIMO, INTA-CONICET.
- Dra. Marisa Farber, IABIMO, INTA-CONICET.
- Dr. Dante Bueno, EEA Concepcion del Uruguay, INTA.
- Dra. Ana Ines Molineri, EEA Rafaela, INTA.
- Dr. Emiliano Videla Rodríguez, Universidad de Edimburgo.
