La misión del IPVET es generar conocimientos básicos y aplicados sobre las causas, efectos, mecanismos de infección, estrategias de prevención, control y erradicación de las enfermedades productivas y zoonóticas que afectan a las especies animales productoras de alimentos, fibras o trabajo. Así como también busca transferir innovaciones científico-tecnológicas para promover la sostenibilidad de los sistemas productivos y la formación de recursos humanos de excelencia en articulación con los sectores público y privado de salud animal y humana, y del medio socio-productivo.
La visión es consolidar su excelencia y liderazgo como referente nacional e internacional en sanidad animal, impulsando investigaciones originales y de alta calidad con impacto en la productividad, el bienestar animal y la salud pública bajo el enfoque de Una Salud. El instituto se proyecta como un actor clave capaz de responder a las demandas del medio socio-productivo mediante soluciones tecnológicas innovadoras, fortaleciendo la articulación entre la ciencia veterinaria y agropecuaria con el territorio a través de redes estratégicas de cooperación científica y tecnológica de alcance nacional y regional.